Las primeras muestras de asentamientos humanos en el término municipal de Fernán Núñez datan de la Prehistoria, en concreto del Paleolítico inferior. Se han encontrado útiles de piedra pertenecientes a esa época en las inmediaciones del arroyo Ventogil. En su mayoría son cantos golpeados utilizados como herramientas cortantes aunque también se han encontrado hachas y otras piezas de elaboración más compleja.
Durante la época romana la zona donde hoy se asienta la localidad perteneció al territorio de la antigua ciudad íbero – romana de Ulia . Éste fue un asentamiento que abarcó un amplio territorio entre los términos municipales de Fernán Núñez y Montemayor.
Durante la dominación musulmana pertenecio a la cora cordobesa. Aún hoy se conservan, aunque en muy mal estado, restos de algunas torres defensivas como la torre de Aben Cáez o la torre de la Atalaya.
Durante la reconquista, la población fue tomada por Fernando III el Santo en el año 1240. Uno de sus capitanes, D. Fernán Núñez de Temes se apodero de una de las torres, dándole su nombre. Los restos de esta torre, que a la postre darían también el nombre al pueblo, se integraron en el palacio ducal, y aún hoy son visibles.
Durante los siglos XVI y XVII Fernán Núñez siguió creciendo y poco a poco la pequeña aldea se convirtió en una villa muy prospera.
D. Francisco Gutiérrez de los Ríos inicio en 1.662 una serie de políticas beneficiosas para la villa. Estas tuvieron continuación durante el siglo XVIII por su nieto D. Carlos José Gutiérrez de los Ríos; personaje este muy impregnado por el espiritú de la ilustración. A él también corresponde el inicio de las obras del Palaio Ducal, las cuales se iniciaron tras el lamentable estado en el que quedó el castillo, tras el terremoto de 1.755.
anto D. Carlos José Gutiérrez de los Ríos como su hijo D. Carlos Gutiérrez de los Ríos, ocuparon cargos importantes como embajadores en varias ciudades europeas. Éste último intervino activamente en la política de la época, llegando a participar en las negociaciones del Congreso de Viena.
Edad Contemporánea
Ya en el siglo XX comienza a articularse en la localidad un movimiento obrero de tendencia anarquista, sucediéndose numerosas huelgas. El advenimiento de la II República Española es recibido con un aplastante triunfo del Frente Popular.
Durante la guerra civil Fernán Núñez, pese a su decidida resistencia, cayó rápidamente en manos del bando nacional.
Durante la dictadura de Franco, al igual que en el resto de Andalucía, Fernán Núñez vivió una fuerte emigración. Dentro de nuestro país los destinos más importantes fueron Cataluña, Madrid y País Vasco. Fuera de nuestras fronteras Alemania, Francia, Suiza, Bélgica o Luxemburgo se conviertieron en destinos habituales para muchos y muchas fernannuñenses que querían encontrar unas mejores condiciones de vida.
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