El departamento de Ciencias Naturales está constituido por las áreas de Biología y Geología y Física y Química.
El área de Biología y Geología imparte la asignatura a los siguientes cursos: 1º de la ESO (todos los grupos), 3º de la ES (todos los grupos) y 4º de la ESO (al grupo de ciencias).
El área de Física y Química imparte la asignatura a los siguientes cursos: 2º de la ESO (todos los grupos), 3º de la ES (todos los grupos) y 4º de la ESO (al grupo de ciencias).
A parte de dar la teoría de las distintas asignaturas el IES consta de un laboratorio, que aunque todavía es muy básico, se está acondicionando poco a poco, y todos los grupos realizan prácticas de laboratorio en las dos áreas.