El edificio es una importante obra de la arquitectura del gótico tardío en España. Las piezas más destacadas del interior del templo son los sepulcros de los Reyes Católicos y el de Juana I y Felipe I el Hermoso, su retablo mayor, la reja mayor y la cripta. La capilla sólo presenta una fachada exterior, al estar unida por sus otros tres lados con la Catedral, la Lonja de Mercaderes y el Sagrario. La rejería y los sepulcros son algunas de las obras cumbres de la escultura renacentista española de estilo italiano.
